DOSSIERS: Bactéries (Bacteria) dans les digesteurs anaérobies

1. Introduction

Les bactéries font partie du domaine des procaryotes. Contrairement aux eucaryotes, elles ne possèdent pas de noyeau ni d'organites (mitochondries, chloroplastes...). Elles ne possèdent pas non plus de réticulum endoplasmique ni d'appareil de Golgi.

Les bactéries se présentent sous de nombreuses formes : sphériques (coques), allongées ou en bâtonnets (bacilles), des formes plus ou moins spiralées.

2. Classification fonctionnelle des bactéries des digesteurs

Dans les digesteurs anaérobies on classe les bactéries selon leur fonctions:

• bactéries hydrolysantes qui hydrolysent les macromolécules en nutriments de base (protéines en acides aminés, glucides complexes en oses simples, triglycérides en glycérol et acides gras...
• bactéries acidogènes qui transforment les nutriments de base en acides organiques.
• bactéries acétogènes qui transforment les acides organiques en acides gras volatils (AGV) utilisables par les achaea méthanogènes.
• Les bactéries sulfato-réductrices qui consomment à notre grand regret les AGV par réduction des sulfates et autres formes de soufre oxydé.

Le tableau ci dessous donne les principales bactéries hydrolysantes selon leur substrat:

Bactéries hydrolysantes dans les digesteurs anaérobies
	Cellulolytiques	Cellulodextrino -lytique	Hémicellulo- lytiques	Xylodextrino -lytiques	Pectino- lytiques	Amylo- lytiques	Amylodextrino -lytiques	Protéo- lytiques	Peptido- lytiques	Lipolytiques
Anaerovibrio lipolytica										x
Butyrivibrio fibrisolvens	x	x	x	x	x		x	x	x
Clostridium aerotolerans	x	x
Clostridium aminophilum									x
Clostridium longisporum	x	x
Clostridium polysaccharolyticum	x	x
Clostridium sticklandii									x
Eubacterium cellulosolvens	x	x
Eubacterium ruminantium				x			x
Eubacterium limosum				x
Fibrobacter succinogenes	x	x	x		x		x
Lachnospira multipara					x
Mitsuokella jalaludinii						x
Mitsuokella multiacidus						x
Prevotella albensis									x
Prevotella brevis								x	x
Prevotella bryantii			x	x	x			x	x
Prevotella ruminicola		x	x	x	x	x	x	x	x
Ruminobacter amylophilus						x	x	x
Ruminococcus albus	x	x	x	x	x
Ruminococcus bromii						x
Ruminococcus flavefaciens	x	x	x	x	x
Selenomonas ruminantium		x				x	x	x	x
Streptococcus bovis		x			x	x	x	x	x
Succinimonas amylolytica						x	x
Succinivibrio dextrinosolvens							x			x
Treponema bryantii					x
Treponema saccharophylum					x

Le tableau suivant reprend les bactéries fermentatives selon leur substrat:

Bactéries fermentatives acidogènes dans les digesteurs anaérobies

Cellobiose

Maltose

Saccharose

Glucose

Galactose

Fructose

Pentoses

Acides uroniques

Acides aminés

Acides organiques

Glycérol

Lactate

Malate

Fumarate

Succinate

Oxalate

Acidaminococcus fermentans

x

Allisonella histaminiformans

x

Anaerovibrio lipolytica

x

x

Butyrivibrio fibrisolvens

x

x

x

x

x

x

x

x

Clostridium aerotolerans

x

Clostridium aminophilum

x

Clostridium longisporum

x

Clostridium polysaccharolyticum

x

Clostridium sticklandii

x

Eubacterium cellulosolvens

x

Eubacterium ruminantium

x

x

x

x

x

x

Eubacterium limosum

x

x

x

x

x

Fibrobacter succinogenes

x

x

x

x

x

Lachnobacterium bovis

x

x

x

x

x

Lachnospira multipara

x

x

x

x

x

Mannheimia succiniproducens

x

x

x

Megasphaera elsdenii

x

x

x

x

x

x

Mitsuokella jalaludinii

x

Oxalobacter formigenes

x

Peptostreptococcus anaerobius

x

Prevotella albensis

x

x

x

Prevotella brevis

x

x

x

Prevotella bryantii

x

x

x

Prevotella ruminicola

x

x

x

x

x

x

x

x

Propionibacterium sp.

x

Ruminobacter amylophilus

x

Ruminococcus albus

x

Ruminococcus flavefaciens

x

Schwartzia succinivorans

x

Selenomonas ruminantium

x

x

x

x

x

x

x

x

x

x

x

Streptococcus bovis

x

x

x

x

x

x

x

Succinimonas amylolytica

x

x

Succiniclasticum ruminis

x

Succinivibrio dextrinosolvens

x

x

x

x

x

x

Synergistes jonesii

x

Veillonella alcalescens

x

x

Wolinella succinogenes

x

x

Le tableau suivant résume les principales bactéries acétogènes et sulfato-réductrices:

Bactéries fermentatives acétogènes et sulfato-réductrices dans les digesteurs anaérobies
	acétogène	Sulfato-réductrice
Acetitomaculum ruminis	x
Eubacterium limosum	x
Eubacterium oxidoreducens	x
Peptostreptococcus productus	x
Ruminococcus schinkii	x
Desulfotomaculum ruminis		x
Desulfovibrio desulfuricans		x
Desulfovibrio sp.		x
Syntrophococcus sucromutans		x

Le tableau suivant classe les bactéries en fonction de leur principaux métabolites:

TO BE CONTINUED